정부는 2018년 1월 1일 종교인소득 과세 시행에 대비해 지난 11월 28일(화) ‘소득세법 시행령 개정안’을 발표했다. 2015년 정기국회에서 종교인 소득에 대한 소득세법 개정안이 통과되었지만, 첫 시행을 앞두고 과세제도 명확화 등을 이유로 유예 내지 보완이 필요하다는 종교계 의견이 제기되었다. 이에 부총리 7대 종교계 지도자 예방, 제1차관 주재 간담회, 국회의원 주재 간담회, 종교계 방문면담, 실무 협의 등을 통해 그간 종교계의 의견을 최대한 수렴하여 보완방안을 마련했다.
주요 개정내용을 살펴보면 첫 번째, 종교인 소득 과세대상 범위를 조정하고 명확화했다. 종교 활동비를 비과세에 해당시키고, 종교인이 소속 종교단체로부터 받는 소득으로 과세를 한다. ‘종교활동비’는 종교인이 종교활동에 사용할 목적으로 받은 돈으로 종교단체가 규약으로 정하거나 의결기구의 의결•승인을 받아 결정하는 것이다. 개신교에 목회활동비, 천주교 성무활동비, 불교에 수행지원비가 여기에 해당된다. 정부는 이와 같은 종교활동비에는 세금을 부과하지 않기로 했다.
 

 
두 번째, 종교인소득 과세대상 종교단체 범위를 확대한다. 지금까지 종교단체는 종교 목적 비영리법인 및 소속 단체로 교정하고 있었으나 법인이 아닌 종교단체 소속 종교인에 대해서도 종교인소득 과세가 적용될 수 있도록 한다.
세 번째, 종교단체 원천징수의 편의도 제고한다. 월별 원천징수세액을 간편하게 계산할 수 있도록 종교인소득 간이세액표를 마련하기로 했다. ‘간이세액표’는 종교단체가 매월 지금하는 종교인소득에 대한 원천징수세액을 나타낸 표이다.

또, 종교단체 원천징수 반기별 납부 특례 요건도 완화한다. 현행은 상시고용인원이 20명 이하인 경우 적용되지만, 종교단체에 대하여는 상시인원 규모와 관계없이 원천징수세액 반기별 납부 특례를 허용했다.
마지막으로 종교인소득 세무조사 범위 및 절차를 규정화 한다. 종교인 소득 세무조사가 종교인 소득회계에 한정될 수 있도록 종교인 회계와 종교단체 회계를 분리해 종교인 소득 관련 세무조사 시, 종교단체가 소속 종교인에게 지급한 금품 외의 종교 활동과 관련하여 지출한 비용을 구분하여 기록•관리한 장부 등은 조사하지 않기로 했다.

이 외에도 종교인 납세 애로사항 해소 창구 마련 및 종교인 소득에 대한 근로•자녀장려금 적용과 지급명세서 제출 불성실 가산세 2년간 면제 등의 기타 보완방안으로 제시했다.
현 정부 발표에 따른 바깥 언론뿐만 아니라 기독교안에서도 ‘종교활동비’와 세무조사 범위에 대한 조항에 대해 불만적인 목소리가 커지고 있다. 말 그대로 종교단체가 종교활동비로 결정하면 종교인에게 주는 돈이 비과세가 될 수 있어 특혜논란과 탈세 등에 대한 부작용을 우려하고 있다. 강석훈 목사(한국기독교교회협의회)는 “과세당국이 고소득 종교인에게 너무 많은 혜택을 줬다. 심하게 말하면 정부가 나서서 탈세를 조장하는 수준이다. 다른 소득자들에게 상대적인 박탈감으로 이어진다든지, 종교인들 전체를 이기적인 집단으로 생각할 수도 있다”고 전했다. 반대로 한국기독교총연합회 TF팀 박요셉 목사는 “(과세당국이) 우리 측이 제안한 안에 대해서 80% 정도는 수용한 것 같다. 애초에 종교활동비라는 것을 지급받는 목회자는 거의 없고, 있다면 일부 대형 교회에 있는 소수에 지나지 않을 것"이라고 말했다.

처음 시행되는 종교인과세에 대한 반응이 극명하게 나눠져 있는 상황에 정부는 ‘소득세법 시행령 개정안’을 11월 30일 입법한 뒤 부처와 협의를 거쳐 내년 1월 1일부터 시행될 예정이다.